De acordo com Segui 1989, sendo o coelho um animal de alta prolificidade e com um custo pequeno por animal, não compensa o custo de tratamento, havendo o risco de contaminação do restante do rebanho, no caso de ocorrência de certas doenças. Portanto, todos os animais que apresentarem sintomas de doenças devem ser retirados do galpão e, caso não apresentem melhora devem ser sacrificados.

A melhor forma de manter os animais livres de doenças consiste em proporcionar boas condições de higiene dentro dos galpões. Sendo o principal manejo para limpeza e desinfecção das gaiolas (comedouros, bebedouros e ninhos) feito com o auxílio de um lança chamas e desinfetantes.

Para a desinfecção dos galpões, principalmente do piso, utiliza-se a cal virgem (calhação), água sanitária, iodo, etc. Em entradas de coelhários não se pode esquecer do pedilúvio, que pode ser de cal virgem ou algum tipo de desinfetante, prevenindo a entrada de algum agente patogênico para o interior da criação.